長春職業技術學校（原長春市農業機械化學校）于1961年建校，文革時期撤銷，1973年經長春市革命委員會（長革發[1973]10號）批準恢復長春市農業機械化學校，隸屬長春市農機局。1995年8月，經長春市人民政府（長府函[1995]22號）批準，加掛長春市機械電氣工程學校校名，隸屬關系、經費和辦學宗旨不變。2000年，長春市取消長春市農機局后，學校歸屬長春市農業局管理；2005年9月，經長春市機構編制委員會（長編[2005]52號）批準，學校歸屬長春市教育局管理。

2007年4月與長春職業技術學院資源整合，變更為長春職業技術學院中職部。

2007年11月，經長春市機構編制委員會（長編辦[2007]50號）批準，成立長春職業技術學校。2011年經長春市機構編制委員會（長編辦[2011]48號）批準，加掛長春軌道交通學校牌子；2012年經長春市機構編制委員會（長編[2012]115號）批準，將長春市交通職業技術學校（長春市交通職工中等專業學校）并入長春職業技術學校，并加掛長春市交通職業技術學校、長春市交通職工中等專業學校牌子。